پس از خلیفه اموی، ولید بن عبدالملک 86/96 قمری ، ابوالعباس عبدالله اول خلیفه عباسی 132/136 قمری تغییرات و توسعه و گسترش مختصری در مسجد بوجود آورد .
تعمیرات مسجد از 655 قمری تا 898 قمری ( حریق مسجد و مرمت آن ):
در اولیه ماه رمضان سال 654 قمری بر اثر وارفته انگاری یکی از فراشان مسجد به نام ابوبکر مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد اوحد ، حریقی در بنای مسجدالنبی (صلی الله علیه و آله و سلم) چهره داد که در اسرع وقت به دیگر بخش ها سرایت نمود. متأسفانه با تک تک تلاش هایی که اهل مدینه متحمل آن شدند ، نتوانستند حریق مهیب را مهار کنند . از این رو همگی قسمت های بنای مسجد طعمه حریق شد. نمای مرمرین، سقف ها، منبر ، درب ها ، خزائن ، صندوق های کتاب، پرده ها ، قرآن ها . . . همه سوختند و فرو ریختند .
مورخان در تاریخ مدینه واقعه نظردارند که مردم مدینه بعد از مشاهده اثر ها و بقایای بجای باقی مانده از مسجد و عدم تواناییشان در بازسازی و ترمیم آن نامه ای به خلیفه وقت مستعصم بالله بن مستنصربالله نوشته ، گستردن اسف انگیز بنای مسجد را به اگاهی او رساندند .
مستعصم بالله معماران را با اثاثیه و لوازم ساختمانی به سوی مدینه بسیج نمود. آنها آغاز سال 655 قمری آغاز رزرو مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد به تجدید بنای مسجدالنبی (صلی الله علیه و آله و سلم) نمودند. البته با تمرکز به ریزش سقف بر روی بنای مقبره محمد رسول الله (صلی الله علیه و آله و سلم) معماران و بزرگان مدینه جرأت و شیوه پاکسازی حجره و مرقد را درخود نیافتند و نامه ای جهت تعیین تکلیف به خلیفه نگاشتند البته درگیری خلیفه و ستیز شهروندان بغداد با تاتارهای مهاجم به پاسخ مقتضی نتایج نشد و حجره به همان سان باقی ماند .
چون مردم در سال 655 قمری قابلیت و امکان و اقتضای ترمیم را به دست آوردند و حدود حجره و مرقد و روضه را شناختند ، با رعایت دقیق موازین دینی و تاریخی، سقف حجره و فضا آدرس مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد آن را تا دیوارهای قبله و سمت شرقی آن و باب جبرئیل ، روضه و منبر را ترمیم و مرمت کردند .